Первая задача, которую поставили перед собой археологи: составить подробную карту «пиратского Вавилона». Ведь экспедиция Эдвина Линка наметила лишь приблизительные контуры затонувшего города. Теперь предстояло составить его подробный план. Работа оказалась очень трудоемкой. Составление карты только одной части города, прямоугольника, размером 70×100 метров, в том районе Порт-Ройяла, где находились рыбный и мясной рынки, тюрьма, лавки ремесленников и несколько частных домов, заняло почти полгода!
Монеты, найденные на месте гибели испанского судна, затонувшего в 1628 году около Фрипорта (Багамские острова).
Линк пользовался эхолотом. В распоряжении Маркса были приборы, позволяющие делать более детальные замеры. Длинный щуп помогал находить стены и другие сооружения из камня. А металлические предметы указывал специальный детектор, чутко реагировавший на присутствие металла в воде.
В семь часов утра 1 мая 1966 года начались раскопки. Шли они примерно в сорока метрах от берега. Сначала был снят слой ила и других осадков. Толщина его оказалась тридцать сантиметров. На поверхность было поднято множество глиняных трубок, обломков глиняной посуды и старинных бутылок, имеющих форму луковицы.
Затем археологи-подводники обнаружили развалины стен. Во время их раскопок нашли оловянные ложки, оловянные тарелки, блюдо и сосуд, также из олова. А поблизости были открыты руины еще нескольких таких же стен и балки. Ясно, что ученые натолкнулись на затопленный дом. Но, как известно, таких домов в Порт-Ройяле было около двух тысяч, и девять десятых из них поглотила вода. Определить, чей дом обнаружен, казалось бы, невозможно. И все-таки это удалось сделать! На двух оловянных тарелках и двух ложках, найденных при раскопках, можно было различить буквы «Р.